Las citoqueratinas (o queratina epitelial) son filamentos intermedios de queratina que se encuentran en el citoesqueleto del tejido epitelial, formando una compleja red (en rojo, en la imagen de abajo) que se extiende desde la superficie del núcleo de la célula epitelial hasta la membrana plasmática.  Hay dos tipos de citoqueratinas: de bajo peso (citoqueratinas ácidas de tipo I) y de alto peso (citoqueratinas básicas o neutras de tipo II). Las queratinas epiteliales se encuentran generalmente por parejas, una citoqueratina de tipo I y otra de tipo II. Cada tipo de citoqueratina tiene diferentes subtipos, que se designan como CK1, CK2, etc, siendo los subtipos 1 a 9 pertenecientes a las queratinas básicas o neutras, y los subtipos 10 a 20 pertenecientes a las queratinas ácidas. La expresión de estas citoqueratinas se produce con frecuencia en un órgano o tejido específico (por ejemplo, la CK7 se expresa en el epitelio del tracto genitourinario mientras que la CK20 es más común en el tracto gastrointestinal). Los histopatólogos emplean esas distinciones para detectar las células de origen de diversos tumores.

Los subgrupos de citoqueratinas que expresa una célula epitelial dependen principalmente del tipo de epitelio, del momento de diferenciación terminal y de la fase de desarrollo. Por lo tanto, son como huellas dactilares que permiten clasificar todos los epitelios según su perfil de expresión de citoqueratina. Además, esto también se aplica a la contraparte maligna del epitelio (los carcinomas), ya que el perfil de citoqueratina tiende a permanecer constante cuando el tejido sufre una transformación maligna. La principal implicación clínica es que el estudio del perfil de citoqueratinas mediante técnicas de inmunohistoquímica es una herramienta de gran valor, ampliamente utilizada para el diagnóstico y caracterización de tumores en la patología quirúrgica.